İmam Ali-ül Naki, 829 yılında Medine'de doğmuştur. Babası İmam Muhammed Taki, annesi ise Semanet'tir. Kendisine "Murteza Emin" ve "Askeri Necip" lakapları verilmiştir. Künyesi "Ebu-l Hasan" olarak bilinir. Yüzüğünde ise şu yazı bulunmaktadır: "Ahitleri korumak Allah huylarındandır."

Ali-ül Naki'nin şehadeti, 29 Haziran 868 tarihinde Samarra'da gerçekleşmiştir. Kabri de Samarra'da bulunmaktadır. Hayatının sadece 39 yıl sürmüştür. Katili ise Mütevekkil olarak bilinir. İmamet süresi ise 33 yıldır.

Ali-ül Naki'nin imametini kabul edenler, Ehl-i Beyt halkı tarafından ittifakla kabul edilmiştir. Ona uyanlar, onu Resulullah'ın oğlu ve varisi olarak tanıyıp saygı gösterenler, Medine Valisi Abdullah bin Muhammed-i Haşimi'nin dikkatini çekmiştir. Medine Valisi, Ali-ül Naki'nin önemini ve değerini daha da artırmak için durumu Halife Mütevekkil'e bildirmiştir. Vali, yazdığı mektupta Mekke ve Medine'nin Ali-ül Naki'ye ihtiyaç duyduğunu ve onu oradan alınmasını istemiştir.

Mütevekkil, Medine Valisi'nin yazısının ardından Yahya bin Herseme'yi, İmam Ali-ül Naki'nin haberi olmadan evini araştırmak üzere gizlice Medine'ye göndermiştir. Yahya bin Herseme, Medine'ye vardıktan sonra geceleyin İmam Ali-ül Naki'nin evini basmıştır. Ancak ev halkının korku ve feryatları üzerine Yahya bin Herseme, sadece arama yapacağını ve korkulacak bir şey olmadığını belirterek onları sakinleştirmiştir. Evde yapılan aramada Kur'an nüshaları ve dua kitapları dışında herhangi bir şey bulunmamıştır. Yahya bin Herseme, bu durumu bir mektupla halifeye bildirmiştir.

Mütevekkil, İmam Ali-ül Naki'yi sürekli gözetim altında tutmak amacıyla Irak'a çağırmıştır. Halife Mütevekkil, gönderdiği mektupta Ali oğulları ile Abbas oğulları arasındaki yakınlıktan bahsetmiş, Ali-ül Naki'ye daima saygı duyduğunu ve onun gelmesinden memnun olacağını belirtmiştir. Ayrıca Medine Valisini kötü ve yanlış bilgilendirme yüzünden azlettiğini ve yerine Muhammed bin Fazlı'yı atadığını bildirmiştir. İmam Ali-ül Naki'ye, istiharede bulunarak karar vermelerini ve karar verirse Yahya bin Herseme ile yola çıkmalarını rica etmiştir.

Ali-ül Naki, bu mektuptaki isteği yerine getirmezse zorla götürüleceğini anlamıştır. Bu nedenle hazırlıklarını tamamlamış ve aynı yıl içerisinde çoluk çocuğuyla birlikte Irak'a hareket etmiştir.